El 13/9/1936, la Junta de Defensa Nacional va il·legalitzar tots els partits del Front Popular i va anar aplicant aquesta mesura a tot el territori que anava conquerint, al mateix temps que perseguia els seus dirigents i afiliats, confiscava els seus béns (i documentació, per a perseguir millor les persones que hi estaven vinculades) i aplicava també aquestes mesures a tota mena d'associació considerada "enemiga": sindicats, cooperatives, ateneus, associacions de cant, etc.
Los fondos documentales adscritos al CDMH tienen dos grandes procedencias.
La primera de ellas es la procedente de los Servicios Documentales de la Presidencia de Gobierno, organismo que asumió las funciones y los archivos creados por tres instituciones surgidas en el Cuartel General del Generalísimo a partir de la primavera de 1937. Estas organizaciones fueron inicialmente la Oficina de Investigación y Propaganda Anticomunista, Servicios Especiales y Recuperación de Documentos, que a comienzos de 1938 fueron integrados en la Delegación del Estado de Recuperación de Documentos, dependiente del Ministerio del a Gobernación.
El objeto de estos organismos fue, por una parte, la incautación de documentación de las organizaciones políticas y sociales leales a la Republica, como de su Ejército Popular, y por otra, la de las sociedades masónicas, librepensadoras o espiritistas. La documentación era analizada por estos organismos con dos propósitos: disponer de un material con el que organizar propaganda anticomunista, no hay que olvidar la estrecha relación de la España nacional con la Alemania nazi y con la Italia fascista, y tener un enorme archivo documental donde conservar las pruebas que informasen sobre las personas afectas a la República y que eran puestas a disposición de la Jurisdicción Castrense, Responsabilidades políticas, de Represión de Masonería y Comunismo o de los juzgados depuradores de los organismos públicos. En 1944 esta delegación cambió de denominación por el de Delegación Nacional de Servicios Documentales, y su dependencia por la de Presidencia del Gobierno, pero manteniendo sus funciones. Esta situación se mantuvo hasta 1968, fecha en la que se cambió por el de los Servicios Documentales de Presidencia del Gobierno.
La segunda procedencia es la referida a la documentación generada precisamente por la Jurisdicción de Represión de Masonería y Comunismo, incluida la de su comisión liquidadora, desde 1940 hasta 1964. La documentación fue remitida por Presidencia del Gobierno a los mencionados Servicios Documentales para su custodia y conservación.
Pel que fa als béns d'aquestes associacions,
El franquisme va crear tota una jurisdicció i normes per apropiar-se del patrimoni aliè. Fins al 1942 eren els militars els qui gestionaven la requisa. S'ordenava la requisa completa del patrimoni de l'enemic, des de mobles i immobles fins a cotxes, joies i documents, i tot passava a mans del règim franquista . Eren els generals en cap dels exèrcits els qui prenien les mesures necessàries. Durant la guerra es va crear la Comissió Central Administradora de Béns Requisats, que s'encarregava de la gestió, l'inventari, l'ocupació d'immobles i la investigació, és a dir, localitzava els possibles béns dels desafectes al règim.
El 9 de febrer del 1939 s'havia creat la llei de responsabilitats polítiques, que era prou clara: "Los partidos, agrupaciones y organizaciones declaradas fuera de la ley sufrirán pérdida absoluta de sus derechos de toda clase y la pérdida de sus bienes. Estos pasarán íntegramente a ser propiedad del Estado". El volum de requises era tan gran que, malgrat que a partir d'abril de 1945 es va paralitzar la instrucció de noves causes per responsabilitats polítiques, els expedients no es van tancar fins al novembre de 1966 quan, per decret, es va ordenar l'indult general, sense que es retornés cap dels béns incautats.
Els béns passaven a mans de les institucions de l'Estat o del Movimiento Nacional, que decidia què en feia: quedar-se'ls, vendre'ls, subhastar-los, fer-ne donació, ... Molts d'aquests béns no han estat mai retornats. Entre els partits polítics, per exemple, a Esquerra Republicana de Catalunya, dels més de 2.000 immobles que reclamava, només un li va ser restituït. Entre 2003 i 2004 va recuperar-ne un altre per via judicial. El PSUC va ser compensat amb 574,35 euros, però no va rebre cap dels 18 immobles que exigia.
Pel que fa a entitats de tota mena, a Catalunya s'han documentat fins ara 291 propietats requisades que pertanyien 232 entitats diferents, però el nombre podria ser molt més gran perquè, a banda, d'altres tipus d'entitats, el 1936 hi havia en funcionament 280 cooperatives de consum i entre 540 i 600 cooperatives de camp o sindicats agrícoles. També van ser espoliades. El patrimoni de, com a mínim, 101 cooperatives no ha estat mai retornat.
La historiadora Neus Morán explica l'objectiu d'aquestes confiscacions: "És una demostració de poder i una desarticulació del que hi havia, l'objectiu era esborrar la realitat que existia fins aleshores, un important teixit associatiu i unes entitats que sovint eren també un espai de sociabilitat, on es reia, es ballava, es coneixia gent, on s'aprenia a viure i estimar, per imposar la seva moral i una altra manera de ser". Un teixit associatiu que, segons Moran, no s'ha recuperat encara: "Ni en qualitat ni en densitat". El 1966 només havia sobreviscut un miler de les més de 19.500 entitats inscrites a les comarques barcelonines durant la República; a la demarcació de Girona tan sols la meitat de les 1.400 registrades. (Font: llibre de Neus Moran, L'espoli franquista dels ateneus catalans, L'Avenç, i diaria Ara).
