a) Juliol – finals de setembre de 1936: esfondrament de l’Estat. La Generalitat no controla el territori. Per això van sorgir milícies populars i poders revolucionaris que van unir les diferents forces antifeixistes. Per mirar de coordinar-les es va crear, a iniciativa de la CNT-FAI, el Comitè de Milícies Antifeixistes, integrat per les forces opositores al cop d’estat i que es va ocupar de la formació de milícies, de l’ordre públic, i d’altres qüestions com transports i proveïments, i els comitès van substituir els ajuntaments.
Es va produir un assaig de revolució espontània que va implicar una dura repressió espontània contra les dretes. A l’agost es va crear el Consell d’Economia de Catalunya, que va dissenyar un pla socialista de reorganització de l’economia, procés que en part s’havia iniciat de manera espontània. Van sortir milícies cap al Front d’Aragó i es va intentar conquerir les Balears.
b) Finals de setembre – maig de 1937: Govern Companys / Tarradellas. De manera paral·lela a l’intent de reconstruir les estructures estatals que tenia lloc a nivell espanyol, a finals de setembre es va crear un govern d’unitat amb ERC, PSUC, CNT, POUM i Acció Catalana Republicana, presidit per Josep Tarradellas, mentre que Lluís Companys continuava de president de la Generalitat. Es van dissoldre tan els comitès com el Comitè de Milícies Antifeixistes, es va reconstruir l’aparell judicial per posar fi a la violència, es van militaritzar les milícies i la Generalitat va començar la intervenció de l’economia per concentrar-la en l’esforç de guerra.A Catalunya, durant els tres primers dies posteriors a l’alçament militar i l’esclat de la guerra (18, 19 i 20 de juliol de 1936), militants de partits i sindicats van constituir comitès antifeixistes a barris, municipis i comarques. A vegades, els grups o les persones més radicals dominaven el comitè i actuaven al marge de les institucions.
Per reconduir la situació, “per a la defensa de la República i per a la lluita contra el feixisme i la reacció”, el quart dia –el 21 de juliol— la Generalitat va crear les Milícies Ciutadanes de Catalunya i el Comitè Central de Milícies Antifeixistes.
Les funcions del Comitè Central eren bàsicament militars i afectaven les Milícies en el front i en la rereguarda.
Formaven el Comitè un comissari de Defensa —el Conseller de Defensa Lluís Prunés, que el presidia—, un cap militar, dos delegats de la Generalitat i els representants dels partits i sindicats. Entre juliol i agost, Jaume Miravitlles en va ser el secretari. Com qualsevol altre òrgan col·legiat, el Comitè Central acordava i resolia, però eren les unitats administratives dels departaments de Governació/Seguretat Interior i, sobretot, Defensa les que executaven els seus acords i resolucions.
Durant la guerra va proliferar la creació d’òrgans col·legiats vinculats a departaments de la Generalitat, com ara comitès, consells, “comissions tècniques”... fent possible que les forces socials majoritàries participessin més directament en el poder. El Comitè de Milícies en va ser un cas: creat per integrar les forces populars, es va dissoldre quan les forces polítiques i socials que hi estaven representades van acceptar (o aconseguir) formar part del Govern de la Generalitat. (Font: ANC)
El 3 d’octubre de 1936 —dos mesos i mig després de la seva creació— el Comitè de Milícies Antifeixistes és dissolt per Decret del Conseller Primer de la Generalitat. Les seves competències van ser assumides pel Departament de Defensa i l’anarcosindicalista Joan García Oliver —representant de la CNT a l’extingit Comitè Central— passaria a ser Secretari General d’aquest departament.
El 28 d’octubre de 1936 la Generalitat va militaritzar les Milícies Antifeixistes. I el 6 de desembre d’aquell any va crear l’Exèrcit de Catalunya. La militarització implicà canvis en l’organització i la denominació de les unitats: agrupacions i columnes (Durruti, Hilario Zamora, Jubert, Lenin, Macià-Companys, POUM, Tierra y Libertat, etc.) passaren a formar part de les divisions, regiments, batallons, seccions i escamots de l’Exèrcit català.L’abril de 1937 es va imposar la unificació dels exèrcits republicans: tant el de la Generalitat com el de la República havien de tenir la mateixa estructura. L’Exèrcit de Catalunya va passar a ser l’Exèrcit de l’Est. I, arran dels Fets de Maig de 1937, amb la pèrdua de competències de la Generalitat en matèria de defensa, l’Exèrcit de l’Est va passar a dependre directament del govern de la República (font: ANC)
Les diferències entre les forces polítiques catalanes va esclatar el maig de 1937 (Fets de Maig). Militants de la CNT havien ocupat a Barcelona l’edifici de Telefònica i les forces de la Generalitat els van anar a desallotjar. D’aquí es va estendre la lluita entre el PSUC, UGT i ERC a una banda, amb la Generalitat, i la CNT i el POUM per l’altra, causant 200 morts i una profunda crisi al govern de la Generalitat. El govern de l’Estat va intervenir enviant 5.000 guàrdies d’assalt contra la CNT i el POUM, però, al mateix temps, la seva intervenció va començar a limitar l’acció de la Generalitat. Negrín i Azaña pensaven que Catalunya no contribuïa prou a l'esforç militar i consideraven, cada vegada més, que l'autonomia era paper mullat.
c) Maig de 1937 – febrer de 1939: govern Companys d’ERC i PSUC i sense la CNT. Quan l'octubre de 1937 el govern de la República es va traslladar a Barcelona, on també s’havia refugiat el govern basc, la tendència centralitzadora es va agreujar. El govern central volia controlar estretament els recursos econòmics i militars de Catalunya, que era una de les zones més riques que li quedaven a la República, i va assumir l’ordre públic, els proveïments, el comerç exterior, l’administració de justícia i la indústria de guerra, i els agents del govern central actuaven sense tenir en compte el repartiment de competències que establia la legalitat. Les friccions amb la Generalitat foren constant, més si tenim en compte que la Generalitat s’esforçava, des del govern Companys / Tarradellas, per intervenir el conjunt de l’economia catalana.
Quan el front d’Aragó es va enfonsar, l’abril de 1938, el darrer intent d’ofensiva republicana, la batalla de l’Ebre, es va fer des de Catalunya, entre el juliol i el desembre de 1938. Quan aquesta ofensiva va fracassar, el front català es va enfonsar i el govern de la Generalitat, el basc i l’espanyol, van marxar a l’exili (5/2/39).